Schwerwiegende Komplikationen treten bei ca. 5-10% der Patienten auf. Hierbei ist vor allem eine Undichtigkeit der Naht nach Abtrennung des Restmagens zu nennen. Kann diese nicht endoskopisch oder durch eine erneute Operation verschlossen werden, so droht schlimmstenfalls die Entfernung des Schlauchmagens. Der stationäre Aufenthalt wird durch eine Komplikation in aller Regel deutlich verlängert, bei schweren Komplikationen ist auch eine Behandlung auf der Intensivstation notwendig. Insgesamt ist die perioperative Komplikationsrate wesentlich höher als beim Magenband.