Der Magenbypass wird in der Regel laparoskopisch (Bauchspiegelung) und in Vollnarkose operiert. Der Magen wird knapp unterhalb des Mageneingangs durchtrennt. Anschließend wird der Teil des Dünndarms mit den Verdauungssäften aus Bauchspeicheldrüse und Galle, der noch mit dem Restmagen verbunden ist, ca. 50 cm hinter dem Zwölffingerdarm abgetrennt. Der Restdünndarm wird mit dem kleinen „neuen“ Magen verbunden und schließlich der Verdauungsschenkel ca. 100 cm hinter der „neuen“ Magen-Dünndarmverbindung angenäht.

Der Eingriff dauert ca. 1,5-3h. Der anschließende stationäre Aufenthalt beläuft sich in der Regel auf 7-9 Tage.