Schwere Komplikationen treten in ca. 10-20% der Fälle auf. Die schwerwiegendste Komplikation ist der Nahtbruch (Insuffizienz) zwischen den neu geschaffenen Darmverbindungen (zwischen Magen und Dünndarm und zwischen Dünndarm und Dünndarm). Wird der Nahtbruch nicht sofort bemerkt, kann es zu einer lebensbedrohlichen Bauchfellentzündung kommen. Können die Nahtbrüche nicht endoskopisch verschlossen werden, so muss im Rahmen einer aufwändigen Nachoperation das Loch verschlossen werden. Der stationäre Aufenthalt wird durch die Komplikation deutlich verlängert, in aller Regel ist auch eine längere Behandlung auf der Intensivstation notwendig. Insgesamt ist das perioperative Komplikationsrisiko bei dieser Operation im Vergleich zum Magenband und Schlauchmagen am höchsten.